תפילות יום הכיפורים התקיימו בהיכל ישיבת "כסא רחמים" בראשות ראש הישיבה הגאון רבי צמח מאזוז, כאשר המונים מבוגרי הישיבה הגיעו מכל רחבי הארץ להסתופף בהיכלה ביום הקדוש.
כבר במוצאי שבת נפתחה ההכנה ליום הכיפורים בדרשת שבת שובה המרכזית, אותה נשא כמדי שנה חבר מועצת הרבנות הראשית וראש מוסדות "יביע אומר", הגאון רבי יגאל כהן. בערב היום הקדוש ערך ראש הישיבה פדיון כפרות באופן אישי לרבים מבחורי הישיבה, וכן פדיון נפש עבור ידידי הישיבה.
בדברי הכיבושין קודם "כל נדרי" עמד הגר"צ מאזוז על הסתירה לכאורה בין נוסח התפילה, שבו מכונה יום הכיפורים "יום אדיר בימי שנה", לבין דברי חז"ל "לא היו ימים טובים לישראל כיום הכיפורים". ראש הישיבה ביאר כי לשבים בתשובה שלמה ומתחרטים על מעשיהם – זהו יום טוב, ואילו למי שאינם שבים – זהו יום אדיר ונורא.
ראש הישיבה הוסיף כי זוהי "הישורת האחרונה", ועל האדם להתעורר מתוך ידיעה שביום זה נחתם מהלך השנה כולה. בדבריו התייחס גם להתעוררות הרוחנית הניכרת בתקופה האחרונה בעם ישראל ואמר כי ניתן לראות בכך סימנים של התקרבות.
בעת הוצאת ספרי התורה ל"כל נדרי" כיבד ראש הישיבה בישיבה הקטנה את הבחורים שקיבלו על עצמם שלא להפסיק בדברים בטלים בסדרי א' וב' עד סוף זמן חורף, ובישיבה הגדולה – את אלו שקיבלו על עצמם לימוד מספר מסוים של דפי גמרא.
השנה הוצא ל"כל נדרי" ספר התורה שהוכנס לפני כשלושה חודשים לכבודו של מרן ראש הישיבה הגאון רבי מאיר מאזוז זצ"ל. לאמירת "כל נדרי" עמדו ראש הישיבה ולצדו משגיחי הישיבה הגדולה והקטנה, הגאון רבי יוסף חדאד והגאון רבי משה סגרון.
רגע מרטיט במיוחד נרשם כאשר ערך הגר"צ מאזוז את ההשכבות לגדולי וחכמי ישראל, כמנהג הישיבה לאחר "כל נדרי". השנה הזכיר לראשונה גם את אחיו, מרן ראש הישיבה זצ"ל והגאון רבי רחמים מאזוז זצ"ל, וקולו נשנק מבכי.
בתפילת ערבית עבר לפני התיבה בנו, הגאון רבי עובדיה מאזוז, מרבני הישיבה. בסיום התפילה למדו בני הישיבה יחד את משניות מסכת יומא, ולאחר מכן עברו המוני התלמידים והבוגרים לפני ראש הישיבה לברכת "גמר חתימה טובה". הגר"צ הזהיר שלא להתעכב יתר על המידה בלימוד ובתפילה בליל יום הכיפורים, כדי שלא להגיע עייפים לעבודת היום שלמחרת.
קודם תפילת שחרית הביא ראש הישיבה מדברי הגאון רבי ניסים יגן זצ"ל, שציטט מגדולי הדורות שהתבטאו לאחר מאורעות קשים: "אילו הייתי יודע באלול הקודם שכך ייגזר, היינו מרעישים עולמות". הגר"צ עורר כי כעת, קודם החתימה, היא ההזדמנות לפעול ולא להתעורר לאחר מעשה. לפני התיבה בשחרית עבר הגאון רבי יצחק בוכריץ, מרבני הישיבה.
בתפילת מוסף עבר לפני התיבה בנו של ראש הישיבה, הגאון רבי רפאל מאזוז, מרבני הישיבה. קודם התפילה הדגיש הגר"צ כי מדובר בתפילה המרכזית של היום, וקרא לבני הישיבה להתגבר על העייפות ולהתעורר בתחינה. בקריאת ההפטרות בשחרית ובמנחה כיבד ראש הישיבה את הרב יאיר מאזוז, בנו של הגאון רבי רחמים מאזוז זצ"ל ומראשי הישיבה.
לפני התיבה בתפילת מנחה עבר הגאון רבי ניסים מאזוז, מרבני הישיבה. קודם תפילת נעילה נשא ראש הישיבה דברי כיבושין נוספים ואמר כי שגור בפי העולם הביטוי "פספסתי את הרכבת" – וכעת אלו ממש הרגעים האחרונים לפני החיתום. הוא קרא לנצל את הדקות האחרונות לחרטה, לקבלה טובה ולהראות נכונות ורצינות בשעת הנעילה.
בשיאו של היום הקדוש עבר הגר"צ מאזוז בעצמו לפני התיבה בתפילת נעילה. בתפילת ערבית שימש כשליח ציבור הרב יאיר מאזוז, ועם צאת הצום בזמן רבנו תם תקע ראש הישיבה בשופר וערך הבדלה. לאחר מכן עברו כלל בחורי הישיבה ובוגריה לברכת "תזכו לשנים רבות נעימות וטובות".
לאחר טעימה קלה נערך בבית המדרש סדר לימוד ממושך של כלל בני הישיבה, כמנהג הישיבה מדי שנה מיד בצאת היום הקדוש.
בסיום הסדר יצאו תלמידי הישיבה יחד עם ראש הישיבה לרחוב הרב עוזיאל לברכת הלבנה ברוב עם. בדרך כלל, על פי המנהג שהנחיל מרן ראש הישיבה הגר"מ מאזוז זצ"ל ובהתאם לדברי מרן החיד"א, מברכים בישיבה את ברכת הלבנה עוד קודם יום הכיפורים, כדי להרבות בזכויות קודם חיתום הדין. השנה, מאחר שהלבנה לא נראתה במוצאי השבת בשל העננות, נערכה הברכה רק בצאת היום הקדוש.
מנהג נוסף בישיבה בימים הנוראים הוא למכור את פתיחת ההיכל של תפילת הפרנסה לא בכסף – אלא בדפי גמרא. השנה נמכרה הפתיחה בכלל התפילות בסכומים של עשרות אלפי דפים, ובסיכום הכולל קיבלו על עצמם בני הישיבה 68,500 דפי גמרא.
