מעמד תיקון חצות המסורתי נערך בישיבת "באר התלמוד" בראשות הגאון הגדול רבי חנוך כהן שליט"א, כמנהג הוותיק הנהוג בישיבה זה שנים רבות.
מנהג זה נקבע עוד בתקופה שבה עמד בראשות הישיבה מרן ראש הישיבה הגאון הגדול רבי יהודה כהן שליט"א, שהיה עורך את תיקון חצות בהיכל הישיבה הגדולה. בשנים האחרונות, מחמת גילו, מקיים מרן ראש הישיבה את המעמד בישיבה הקטנה, ואילו בישיבה הגדולה ממשיכים בני הישיבה את המנהג בהנהגת ראש הישיבה.
לקראת חצות היום נשא הגר"ח כהן שיחת התעוררות, שבה עמד על עיקר עניינם של ימי האבלות ועל משמעות החורבן והציפייה לגאולה. בדבריו הזכיר את דברי חז"ל: "כל המתאבל על ירושלים זוכה ורואה בשמחתה", וקרא לבני הישיבה לחוש את חסרון בית המקדש ולשאת תפילה לבניינו במהרה.
לאחר השיחה התיישבו כלל בני הישיבה, כל אחד במקומו, לאמירת תיקון חצות, כשגם רבני הישיבה יושבים במקומותיהם ונוטלים חלק במעמד באווירת יראה והתבוננות. המעמד, הנערך מדי שנה, נחשב לאחד הרגעים המרוממים והמשמעותיים בלוח השנה של הישיבה, ומבטא את תחושת הגלות והכמיהה לגאולה.
במהלך אמירת הקינות נשמע הגר"ח כהן בוכה בכי תמרורים על חורבן בית המקדש, מחזה שהותיר רושם עמוק על בני הישיבה, אשר העידו כי קשה היה למצוא עין שנותרה יבשה לנוכח עוצמת הכאב והגעגוע שנשקפו מדמעותיו.
