בישיבת "באר התלמוד" המשיכו גם השנה במנהג שהנחיל ראש הישיבה הגאון הגדול רבי חנוך כהן שליט"א, לקבוע בעיצומו של היום השני של ראש השנה סדר לימוד מיוחד, המתחיל מיד לאחר תפילת מנחה ונמשך כשעה, ולאחריו מוסר ראש הישיבה שיעור כללי בענייני דיומא.
ביסוד המנהג עומדת השאיפה לקבל את השפעתם של הימים הגדולים דווקא מתוך לימוד התורה, ובפרט בעמל ובעיון. לדברי ראש הישיבה, בדרך זו חודרת השפעת הימים אל עולמו של בן הישיבה ומרוממת אותו למושגים של גדלות בתורה ובעבודת ה'.
מחזה מיוחד נרשם השנה כאשר אל השיעור הצטרפו גם אברכים מבוגרי הישיבה, ששבו ליום אחד אל ספסלי בית המדרש והשתתפו בסדר ובשיעור. עבור הבוגרים היה זה מעין חזרה לימים שבהם ישבו ועמלו בתורה ללא הפסקה בהיכל הישיבה, והדבר עורר בהם געגועים והתרגשות.
הסדר והשיעור הותירו את רישומם גם על בני הישיבה, הפותחים בכך את עשרת ימי תשובה בחיזוק בעמל התורה ובעבודת התשובה לקראת יום הכיפורים.
לצד זאת, בעשרת ימי תשובה מקיים הגר"ח כהן מנהג נוסף שעליו הוא מקפיד מדי שנה – החיפוש אחר אתרוג נאה ומהודר לקראת חג הסוכות. ראש הישיבה נודע בדקדוקיו והידוריו במצוות ארבעת המינים, בהתאם לבירורים ההלכתיים שהעלה בספרו "עולת כהן" על הלכות ארבעת המינים.
גם השנה יצא ראש הישיבה לבחור את אתרוגו בחביבות ובדקדוק. בשנים האחרונות נוהג הגר"ח כהן לברך גם על אתרוגים מרוקאיים, בשל ההידור וההדר המצוי בהם.
את האתרוגים בוחר ראש הישיבה ב"אתרוגי נווה ציון", שם הוא עומד בראש ועד הכשרות וסומך את ידיו על רמת הדקדוק וההקפדה, לצד המוצי"ם הרבים העומדים על פיקוח הכשרות.
כך, מן הסדר והשיעור בעיצומו של ראש השנה ועד הדקדוק בבחירת האתרוג לקראת חג הסוכות, עוברים בישיבת "באר התלמוד" את ימי התשובה מתוך עמל התורה, עבודת הימים והידור במצוות.
