ידוע מנהגה הוותיק של ישיבת פורת יוסף, שהנהיג משכבר הימים רב רבנן חכם עזרא עטיה זיע"א, לומר תיקון חצות בימי בין המצרים, על פי דברי מרן החיד"א בשם רבינו האר"י הקדוש (שער הכוונות דף סט ע"ג), שראוי לכל אחד להיות מיצר בימים אלו על חורבן בית המקדש וגלות השכינה.
כך נהגו בירושלים עיה"ק, וכך הנהיג חכם עזרא עטיה בישיבת פורת יוסף. זקני הישיבה מספרים כי כל החכמים היו מפסיקים את לימודם באמצע היום כדי לשבת על הארץ ולקונן על החורבן. באותם ימים היה חכם בן ציון חזן מעורר את הציבור בבכייה בקולו המיוחד, ובהמשך, בעיר החדשה, היה זה חכם בן ציון אטון אשר בקולו החנון היה מעורר את הלבבות לתשובה ולצער על גלות השכינה.
גם כיום ממשיך מרן ראש הישיבה הגאון הגדול חכם משה צדקה שליט"א לשמר במסירות את מסורת הישיבה, ואף מעיד לא אחת כי הוא משתדל להמשיך את דרכו של רבו הגדול חכם עזרא עטיה זיע"א ואינו משנה ממנהגי הישיבה.
בכל שנה, בימי בין המצרים, יושב מרן ראש הישיבה על הארץ יחד עם רבני ותלמידי הישיבה, ונושא קודם לכן דברי חיזוק והתעוררות על חובת האבלות והכיסופים לבניין בית המקדש. מתוך דבריו הנרגשים מצטרפים בני הישיבה לאמירת תיקון חצות והקינות ברגש רב ובהשתפכות הלב.
לאחר אמירת תיקון חצות ממשיכים בישיבה, כמנהגה מקדמת דנא, באמירת הקינות שתיקן רבינו חיים כהן זצ"ל, מגדולי חכמי ארם צובא, מנהג שנשמר ברציפות במשך עשרות שנים בהיכל הישיבה.
לפנינו תיעוד נדיר ומיוחד מאמירת תיקון חצות והקינות בהיכל ישיבת פורת יוסף, בהשתתפות מרן ראש הישיבה חכם משה צדקה שליט"א, הממחיש את המשך שרשרת המסורת המפוארת העוברת מדור לדור בהיכלה של ישיבת פורת יוסף.
