רבינו נולד ביום כ"ח ניסן תרנ"ה בריסאני שבמחוז תאפילאלת-מרוקו, לאביו הגה"ק סבא דמשפטים רבי מסעוד זצ"ל (בנו הבכור של מרן האביר יעקב זיע"א), ולאמו הצדקת מרת עישא ע"ה בת למשפחת חסידים ואנשי מעשה משפחת בן חמו. לאחר שנולדו לרבי מסעוד שני המאורות הגדולים מרן עט"ר רבי דוד הי"ד זי"ע ורבי ישראל סידנא בבא סאלי זי"ע, בחר לקרוא את שם בן זקוניו הנולד לו 'יצחק' כשם אחיו בן הזקונים של מו"א שנקרא ע"ש רבנו האר"י ז"ל.
עוד לפני שהגיע רבנו לגיל מצוות הורה לו אביו שבהגיעו לגיל מצוות יקדש לו אשה את בת אחיו הקדוש עט"ר רבי דוד, הצדקת מרת אסתר ע"ה. ומאת ה' היתה זאת שאביו דיבר על כך מבעוד מועד, כיון שכאשר הגיע רבינו לגיל מצוות נסתלק אביו לבית עולמו.
לאחר פטירת אביו רבי מסעוד (י"ב אייר תרס"ח) שעזב את רבנו לאנחות שבועיים לאחר הבר מצווה שלו, אזר אחיו רבי דוד וקרוביו הקדושים עוז וגבורה וסוככו עליו בכנפיהם (רבנו היה בגיל 13 ועט"ר בגיל 42). וכמש"כ רבי יצחק (יחד עם רבי ישראל) בהקדמה לספרי עט"ר: "ולהנחם מאנה נפשנו כי חשכו עינינו ועולם חשך בעדנו, כי אבינו ואמנו עזבונו, ולולי רבנו כולנו אבדנו, ויחזיק בנו בידו הנפלאה שהראנו כאילו אבא קיים, ויאר את ענינו, ובכל עוז ותעצומות גבר חסדו עלינו, גידלנו ונשאנו ובנתיבות יושר הדריכנו וביראת ה' ותורתו הנחנו, ומעודנו לא זזה ידו מתחת ידנו".
ויזרע יצחק בארץ ההיא
רבינו עלה ונתעלה במעלות התורה והיראה בישיבת 'אביר יעקב' בנשיאותו של אחיו (מאביו) עטרה וראש, ואף התמחה בהלכות ספרות סת"ם, מילה, שחיטת עופות ובהמות, ובדיקת הסכין. סיפר מחותנו הגה"צ רבי מסעוד מלול זצ"ל שרבנו היה מהחזנים הקבועים בבית מדרשו של עט"ר אודות ליראתו הקודמת לחכמתו וגם לזה שהיה לו נעימות קול מיוחדת, והוא היה מהמוהלים המומחים שבמחוז תאפילאלת.
שבת אחים גם יחד
ההערכה והקשר העצום שהיה בין האחים הקדושים רבי יצחק ורבי ישראל היה נדיר ופלאי ביותר, הם נקשרו בעבותות האחוה, וזאת על אף העיסוקים הרבים וטרדות היום יום, ופעמים שהיה מרחק גאוגרפי רב בין השניים, אך האחדות שהיתה ביניהם כשלמדו וגדלו ועסקו בצרכי הישיבה והציבור יחד לא נתנה להם אפשרות לנתק ביניהם.
וכפי שמעיד על כך הגה"ק רבי משה תורג'מן זיע"א בהקדמתו לספרי עט"ר: "ושני בקודש רב תבונה, חכמה ובינה קנה וכו' כבוד מורנו הרב רבי יצחק אביחצירא נרו יאיר כשמש בגבורה וכו' ופניהם איש אל אחיו יהיו תמיד בחברה, וקם האחד המיוחד ובעזרו מור ינוקא". קשר זה בא לידי ביטוי בברית שידוכין בעת שהגיע לפרקו בנו בכורו של סידנא בבא חאקי הלא הוא רבי אברהם זצ"ל (המכונה 'בבא הנה'), נשא את בתו של רבי ישראל הרבנית רחמה תחי'.
איש על העדה
בשנת תש"ח עלה עם ב"ב להתגורר בארץ הקודש, ומיד קיבל את המשרה לכאן פאר כרבה הראשי של רמלה לוד, אשר נוהלה בטוב טעם ודעת, ובהמשך כיהן כחבר מועצת הרבנות הראשית לישראל, ומרוב פעילותו הענפה קיבל את התואר 'מנהיג יהדות צפון אפריקה'. מאז החל רבינו ברבנות ברמלה ענד לראשו כובע הדומה לכובע של הראשל"צ והרב הראשי לישראל, דבר זה היה בעידודו ובהחלטתו של הראשל"צ הגאון רבי בן ציון מאיר חי עוזיאל זצ"ל שראה בו אישיות דגולה מורמת מעם ורצה לרוממו מעלה אחר מעלה, שכולם יראו ויסתכלו בהנהגותיו, ולכן שכנעו עד שהכריחו לענוד לראשו כובע הדומה לשלו (ס' סידנא בבא חאקי, עמ' 156).
רבינו נתבקש לישיבה של מעלה ביום כ"ה אדר ב' תש"ל והוא בן 75 שנה, ומנו"כ בעירו רמלה.
עקידתו של יצחק
"עקוד נעקד על מזבח כפרה, כמו יצחק בן הגבורה, לכפר בעד העדה הנבחרה, עולה תמימה זכה וברה, היה רבינו יצחק אביחצירא" (מתוך דברי הספד שכתב שא"ב הגה"ק רבי יצחק אביחצירא דמן חיפה).
ולסיום יש להביא דברים שסיפר מרן הראשל"צ רבינו עובדיה יוסף זצוק"ל (מילה במילה) אודות פטירתו הטראגית של רבי יצחק, ואף היה מרבה לספר זאת כדי לנחם אבלים ובפרט על אנשים שנפטרו בקיו"ש רח"ל:
לפני כשלושים שנה היה הגאון רבי ישראל אביחצירא זכר צדיק וקדוש לברכה גר בעיר נתיבות, איש צדיק וחסיד בכל דרכיו ותלמיד חכם גדול, והיינו מבקרים אצלו הרבה פעמים ומדברים בדברי תורה.
פעם אחת כשהיינו אצלו והיה זה אחר פטירתו של אחיו הגאון הצדיק רבי יצחק, התחיל מספר לנו בענין פטירת אחיו, ואמר כי היה בשכונתו זוג איש ואשה שלא היה ביניהם שלום בית וכל היום היו מתקוטטים ואז ביקש רבי ישראל מרבי יצחק שהיה גר ברמלה שיבוא לדבר על ליבם וליישב ההדורים שיחיו בשלום ושלוה, כי רבי יצחק היה לו מתק שפתיים להפליא. מיד נענה רבי יצחק לבקשתו ולקח מונית ובא לעיירה נתיבות ובאמת הצליח ועשה חיל והשכין שלום ביניהם. אחר כך קם רבי יצחק לשוב לביתו ואז בדרך חזרה היתה תאונת דרכים ופגעה ברכבו משאית וכל נוסעי המכונית נהרגו ורבי יצחק בתוכם.
והיה לרבי ישראל צער גדול ונורא מזה שכאילו הוא סיבב מותו של אחיו בזה שקרא לו לבא אליו וקרה מה שקרה. והיה רבי ישראל בוכה עליו הרבה ושלושים יום לא נחה דעתו. והנה ביום השלושים בא רבי יצחק לרבי ישראל בחלום ופניו שוחקות ומאירות כזיו השכינה וכולו לבוש לבנים ושאלו לרבי ישראל 'עד מתי אתה בוכה ועל מי אתה בוכה, הלא אני כאן בגן עדן שמח וטוב לב, ויושב עם ה' יתברך וכל הצדיקים ומשתעשעים בדברי תורה', ובקש ממנו שיפסיק לבכות עליו, והבטיחו רבי ישראל שמכאן והלאה לא יבכה יותר. כל זה סיפר לנו רבי ישראל.
