ציבור בני התורה והאברכים התכנס ובא לחלוק כבוד אחרון ולשמוע דברי חיזוק, ותחושת החסרון הגדולה זעקה עד לשמיים. הגאון הרב גבריאל דהן שליט"א, ראש כולל תפארת טבריה, פתח בדברי הספד נרגשים ועמד על יסוד מרכזי שהיה נר לרגליו של הרב זצ"ל: "להעריך כל בן תורה, ובפרט שכל בן תורה ידע להעריך את עצמו, לדעת כמה הוא שווה בעיני ה', ויגבה ליבו בדרכי ה'".
לאחריו נשא דברים הגאון הרב שמואל ביטון שליט"א, ראש ישיבת אור יוסף, שפתח באמירת "דודי ירד לגנו ללקוט ששונים", וביאר כי בדור חשוך זה הקב"ה לוקח את השושנים, את הצדיקים האמיתיים. "גדול החלל והשבר, אין מלים לתאר את האבדה, אך אנו מצווים ללמוד ממעשיו ולהתחזק בלימוד התורה, ובפרט בימי שישי ושבת – שהם שליש מחיי האדם", אמר.
אחריו עלה אחיינו הרב אלישע כהן שליט"א, שהזכיר מדברי הרב זצ"ל כי בתיבת נח נבנתה קומה מיוחדת לבני האדם, ללמדנו שגם בעומק העיסוק והטרדות – על האדם לזכור את מדרגתו הרמה והנשגבה כ"בן אדם".
במרכז העצרת נאם מרן הגאב"ד הגאון הגדול רבי שלמה ידידיה זעפראני שליט"א, נשיא איגוד עמלי תורה בארץ הקודש, שטרח ובא במיוחד לעצרת. בדבריו זעק על האובדן הגדול: "אבדן של אביהם של האברכים. כמה הרב נשא בעול עם כל אחד, מגדל ומרומם, ועתה נותרנו יתומים. הקב"ה לקח אותו ביום שמחת תורה – קרבן ציבור עולה תמימה". הרב קרא להצדיק דין שמים ולהתחזק באמונה וללכת לאור דרכו.
חתם את העצרת אחיו הגאון הרב איתן כהן שליט"א, ראש ישיבת מעייני התלמוד, שדיבר על הנהגתו של הרב מרדכי: "תמיד נתן את כולו לאחר, פרגן, חיזק ואמר מילה טובה לכל אחד. עלינו ללמוד ממנו – לפרגן, להאיר פנים, להתקשר ולומר 'היית חסר היום בכולל' – זהו אורו של הרב מרדכי".
בסיום העצרת נשאו הקהל תפילה: "יה"ר שלא ישמע עוד שוד ושבר בגבולינו, ויאמר ה' די לצרותינו, ונזכה במהרה לראות בבנין בית מקדשינו ותפארתינו אכי"ר".
