רבי יוסף חזן זצוק"ל נולד בשנת תק"א בעיר איזמיר, לאביו רבי חיים למשפחת חזן המיוחסת, מגזע גולי ספרד, מצאצאי רבי אברהם לבית חזן בעל הפיוט 'אחות קטנה' הנאמר בערגה ובהתעוררות בכל תפוצות ישראל בליל ראש השנה, ונקרא על שם זקנו הגדול הגאון רבי יוסף חזן זצ"ל מחשובי תלמידיו של המהרימ"ט (רבי יוסף מיטרני) וחברו של מוה"ר חיים בנבנישתי זצ"ל בעל ה'כנסת הגדולה'.
זמן מועט זכה הנער להתבשם מתורת אביו, שהסתלק לבית עולמו בעוד רבינו בגיל צעיר. דודיו ובני משפחתו אספוהו אל ביתם ותמכו בו לפרנסו ולהחיותו, וכך השקיע את עצמו בעמל התורה יומם ולילה ועלה ונתעלה בלימוד התורה כמעיין המתגבר וכבר בגיל צעיר יצא שמו לתהילה בעיר של חכמים וסופרים זו. ובספרו 'מערכי לב' (ח"ב דף קכה) נדפס דרוש שלפי המוזכר שם נראה שאמרה בפני קהל עדה בהיותו בן י"ז שנה בלבד.
בהגיעו לפרקו נשא את אשתו הראשונה בת רבי דניאל פאלאג'י, שהיה מנכבדי גבירי העיר, ומסירותה לעניני הבית סייעה בידו לשבת בנחת על התורה ועל העבודה ותלה בה חלק רב מהישגיו בלימוד התורה ולגדל את בניו לתלמידי חכמים מופלגים. אשתו זאת מתה עליו בשנת תקס"א. ואחריה נשא אשה שניה שעלה עימו לארץ ישראל ונפטרה שם אחריו.
בהיותו בן ל"ג שנה נבחר כחבר בבית הדין של העיר יחד עם גדולי הרבנים. ובשנת תקנ"ד מינוהו רבני העיר להיות ר"מ ומורה צדק ורבה של העיר הגדולה איזמיר יע"א. את עיקר עיסוקו ברבנות הקדיש רבינו להעמדת ההלכה ופסקי בתי הדין ופעל רבות ונצורות לחיזוק בדקי הקהילה וענייני העיר. וכן עמד בקשר איתן על גדולי הרבנים וחכמי הישיבות הרבים שהיו בעירו והתפלפל עמהם בדברי תורה והלכה כמופיע רבות בספריו הגדולים.
שמע גדולתו נפוץ בקצווי ארץ ורבים מערי הארצות הריצו אליו שאלותיהם וביקשו ממנו דעת ההלכה. בין בתרי התשובות באו שאלות מערי טורקיה רודוס ואלג'יר, שאלות עגונות מסובכות, שו"ת מערי ארץ ישראל הכרעות בפסקי בית דין של עיה"ק ירושלים צפת, וחברון ועוד. בין תשובותיו מתגלות גם נידונים על עובדות היסטוריות שהיו בתקופתו כמו השריפה הגדולה בעיר איזמיר בשנת תקל"ב שנשרפו כל בתי הכנסת רח"ל ולא היה לקהל מקום להתפלל ועוד.
ספרו הגדול 'חקרי לב' כולל ח' חלקים, והודפס בין השנים תקמ"ז עד תקצ"ב (ובמהדו"ח בירושלים ע"י מכון המאור, תשנ"ח) ובהם אלפי תשובות בכל ד' חלקי השו"ע והוא מלא וגדוש בפסקי ובירורי הלכה המתבטאים בשיטת גאוני טורקיה ומלאים בחריפות ובקיאות כגדולי ספרד המובהקים ומצויינים בחקירות הלכתיות מחודשים מלאים בחדוותא דשמעתתא.
ספרו התפשט בהיכלי התורה בכל קצוות תבל. וכאשר הגיע לידי גאוני אשכנז שמחו לקראת כמוצאי שלל רב והתפעלו מחקירותיו וחריפותו עד שלימים כשהודפס ספר 'שאגת אריה' הידוע בגאונותו התבטאו עליו ואמרו: "זה ה'חקרי לב' של האשכנזים"!
אהבתו לארץ הקודש היתה גדולה. כל שד"ר קיבל בחיבה ובאהבה וכל ימיו השתוקק לעלות ולחונן פלטרין של מלך ארץ ישראל הקדושה. ולימים בשנת תקע"ג לאחר הגיעו לגיל שבעים שנה, עלה רבינו לארץ ישראל וקבע מושבו בעיר האבות חברון ת"ו ומיד קיבלוהו עליהם לראב"ד ור"מ העיר.
לאחר שביקש לישב בשלווה כשנתיים בעיר חברון, חכמי ירושלים שמו עיניהם בו וביקשוהו לעלות למשרת כתר ה'ראשון לציון' בעיה"ק ירושלים תובב"א והוליכוהו בכבוד גדול ובבואו בשערי ירושלים יצאו לקראתו אנשים נשים וטף והביאוהו בכבוד גדול והמליכוהו עליהם לראש רבני ירושלים, שם נהג רבנותו ברמה ועל פיו נשק כל דבר.
בשנים האחרונות לחייו לאחר בואו לארץ ישראל, נוסף על שמו השם 'רפאל' כשם ראשון, כנראה כסגולה מפני שחלה בזמן מגיפה שהיתה בירושלים בשנת תקע"ד וכך נמצא בכמה מקומות בזקנותו שחתם בשם 'הצעיר רפאל יוסף חזן ס"ט'. ואף שכונה ע"י רבים בכינוי 'היר"ח' נראה שהוא למליצה בעלמא.
רבינו זכה להקים אחריו דור של תלמידי חכמים שהאירו גם הם בתורתם לישראל ומופיעים בתשובות שבספריו: א) רבי בכור חיים חזן – נפטר בדמי ימיו על פני אביו לפני שנת תקנ"א. ב) רבי רחמים אליהו חזן – שתשובות רבות מובאים ממנו בספר 'חקרי לב' וגם חיבר ספר 'אורח משפט' על חו"מ שהוא כדוגמת הכנה"ג, והעידו עליו שהיה ליבו כלב הארי בש"ס ובפוסקים. ג) רבי אליעזר חזן – שהניח אחריו כתבים רבים ומהם ספר 'עמודי ארזים' על ספר היראים. והיה ראוי למלא מקום אביו כהראש"ל אלא שנפטר שנתיים אחריו בשנת תקפ"ג באותו יום עם הראש"ל רבי יו"ט דאנון. אחד מבניו הוא 'המשי"ח' רבי משה ישראל חזן מח"ס שו"ת כרך של רומי. ד) רבי גרשון חזן. ה) רבי יצחק חזן. ו) רבי דוד חיים חזן – כונה 'ח"ד בדרא'. ולימים בשנת תרכ"א ישב על כסא אביו במשרת ה'ראשון לציון', וחיבר כמה ספרים שהמפורסם בהם הוא שו"ת 'נדיב לב' ג"ח. ז) בתו שנישאה לבן דודה ותלמידו המובהק, רבי יעקב פאלאג'י, אביו של הגאון רבי חיים פאלאג'י זצ"ל שישב על ברכי זקנו ששם עליו עינו והעניק לו מתורתו וגאונותו ואף הכתירו לחכם בעירו והלבישו הגלימה, כשלימים עלה ונתעטר על כסא זקנו לרבה של איזמיר והיה לראש חכמי טורקיה בדורו, ובניו אחריו רבי אברהם ורבי רחמים נסים יצחק ה'יפה ללב' ורבי יוסף ועוד.
ביום כ"ג מר חשון בשנת תקפ"א, בהיותו בן שמונים שנה, אחר שבע שנות כהונה במשרת הראשון לציון, נאסף רבינו לבית עולמו ונטמן בחלקת מחוקק ספון במרומי הר הזיתים. זיע"א.